Su historia está ligada a la Comunidad de Aldeas de Albarracín, tras la repoblación y dotación de fuero. Los pueblos de la sierra dependían de Albarracín, pero a partir del siglo XIV, comienza a observarse una organización que desde las aldeas va tomando forma, para crear una entidad supramunicipal. Esta entidad es distinta y separada de la ciudad de Albarracín y en su origen está el aprovechamiento de montes y pasto, además de la recaudación de tributos y paulatinamente irse segregando de la tutela y administración de la ciudad de Albarracín.

En 1689 llegó a romper la dependencia con la ciudad, y su nombre queda definido como Comunidad de Santa María de Albarracín. Se organizaba en cuatro sesmas. Moscardón pertenecía a la sesma de Frías, junto a Calomarde, Royuela, Torres y Frías de Albarracín.

En cuanto a administración, Moscardón ha formado parte, de forma sucesiva, de la Comunidad de Aldeas de Albarracín, sesma de Frías, a la sobrecullida de Teruel (1448-1495), a la vereda de Teruel (1646) y al corregimiento de Albarracín (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Albarracín, para incorporarse en 1965 al partido judicial de Teruel.